wordpress:

pros:

1- manejo de tags
2.-versiones de cada modificacion el el artículo
3.-mejor en seo, (con el all in one seo pack) mejora bastante.
4-facil de usar
5.-rápido
7.-editor de imágenes al momento de escribir (cortar,rotar , etc)
8.-campos personalizados
9.-seguro
10.-código muy ordenado
11.- gran cantidad de documentación para desarrolladores y diseñadores
12.- mucho mas flexible en modificaciones y adaptaciones en comparacion con joomla

Contras:

1-el manejo de widgets es inferior en comparacion con el manejo dee modulos en joomla, pero tiene solución si uno se mete al código.
También hay un plugin que lo soluciona.

2.- carece de un gestor de menus

Joomla:

pros:

1.-gran cantidad de componentes para hacer cualquier tipo de website
2.-completo gestor de menus
3.-gran cantidad de plantillas y de excelente calidad

contras:
1.-no tiene tags ( hay un modulo que lo saca de las palabras claves pero no es lo mismo)
2. no maneja versiones ( pero si lo hará en la version 1.6)
3.-carece de un sistema de comentarios (se soluciona instalando componentes, pero no hay comparacion con wordpress bajo ningun punto de vista)
4.-carece de edicion de imagenes en linea
5.- es mas lento que wordpress
6.- se torna inseguro al instalar componentes
7.- es malo en SEO
8.- un poco mas complicado de usar ( poco intuitivo en comparación con wordpress)
9.- código desordenado
10.-poca documentación de su código fuente ( hay cosas que en las plantillas , por ejemplo la parte de multipáginas solo se edita en el core y no en la template)